Entre los medio que se tomaron como consecuencia de los abusos "que son muy grandes-se dice en la real cédula- las molestias, opresiones y vejaciones que reciben lo dichos indios de sus encomenderos", fue enviado Alfaro, en 1606, al Plata, dictando una serie de ordenanzas de gran interés histórico, porque nos revelan, con todo relieve, una situación social casi salvaje. Su misión duro aproximadamente un año, habiendo recorrido las tres provincias del Plata, excepto las del guayra.
El licenciado Francisco de Alfaro ratificó la prohibición del servicio personal de la cédula del año 1601, tanto para los yanaconas como para los indios de encomienda, y declaró la libertad de los indios; y para que no fueran agraviados y pudieran acudir con comodidad a sus obligaciones, estableció que debían estar reducidos en los pueblos donde con comodidad pudieran sustentarse. Y conforme a las cédulas reales, ordenó que en pueblos de indios no estén ni reciban ningún español, ni mestizo, negro ni mulato, so pena de multa. En el contorno del pueblo de indios, o de chacaras suyas no podía haber chacaras de españoles en distancia de media legua;
las estancias de ganado mayor no podían estar a legua y media y las de ganado menor a media legua; so pena de la pérdida de la estancia y la mitad del ganado que en ella se metiere. Los indios debían tener un ejido junto a su pueblo de una legua de largo,
donde pudieran tener su ganado "sin que se les revuelvan con otros de los españoles".
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